Originario de Ciudad Mante, Tamaulipas, Francisco Javier Delgado Cepeda realizó estudios profesionales en Física en la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Iztapalapa. Tiene estudios de Maestría y Doctorado en Física en el Centro de Investigación y Estudios Avanzados (CINVESTAV) del IPN. Realizó estancias posdoctorales en el CINVESTAV y en el International Centre for Theoretical Physics. Tiene adicionalmente una Maestría en Administración de Instituciones Educativas en el Tecnológico de Monterrey.